2.6 millones de casos, un solo diagnóstico: «infección intestinal».

94 de cada 100 casos de infección intestinal en México se tratan sin identificar el agente causal

Un paciente con diarrea de tres días llega a consulta. El médico pide un coproparasitoscópico y, si sospecha algo bacteriano, un coprocultivo. El primero regresa «negativo» o con un hallazgo ambiguo; el segundo tarda entre 48 y 72 horas y, la mayoría de las veces tampoco aísla nada. Para entonces el paciente ya recibió un antibiótico empírico o simplemente se le indicó hidratación. Esta escena se repite millones de veces al año en todo el país. En esta publicación revisamos qué tan grande es realmente esa brecha, por qué los métodos convencionales no la cierran, y qué puede ofrecer hoy un laboratorio que incorpore diagnóstico molecular gastrointestinal.

Hoy existe una alternativa práctica para el laboratorio clínico: PCR múltiplex en tiempo real que identifica virus, bacterias, protozoos y helmintos a partir de una sola muestra de heces.

El tamaño del problema

Las enfermedades infecciosas intestinales son la primera causa de morbilidad notificada en México. En las primeras 31 semanas de 2026 se registraron más de 2.6 millones de casos¹. La cifra impresiona, pero lo relevante para el laboratorio está en cómo se distribuye: la inmensa mayoría de esos registros corresponde al rubro de infecciones intestinales «por otros organismos y mal definidas», es decir, cuadros en los que nunca se supo cuál era el agente.

Figura 1. Distribución de los casos gastrointestinales infecciosos notificados en México a la semana epidemiológica 31 de 2026 y desglose del segmento con agente etiológico identificado. Elaboración propia sobre datos del SUIVE¹. El total excluye el rubro de úlceras, gastritis y duodenitis por corresponder a diagnósticos de notificación separada.

Cada vez son más los casos en los que no se identifica el agente causante. Entre 2020 y 2024, los padecimientos sin etiología definida aumentaron 57 %, mientras que los diagnósticos con un agente específico muestran una disminución sostenida. La brecha, lejos de cerrarse, continúa creciendo.

Figura 2. Casos gastrointestinales infecciosos notificados y proporción con agente etiológico identificado, México, 2020–2026. Elaboración propia sobre datos del SUIVE¹. Las barras muestran el total de casos notificados; la línea en rojo, el porcentaje con etiología identificada. El número de casos de 2026 corresponde a un periodo parcial; la proporción se presenta como referencia al corte de la Semana Epidemiológica 31.

Por qué el método convencional se queda corto

No es una falla del laboratorio ni del médico: es una limitación inherente al alcance de los métodos convencionales. El coprocultivo detecta algunas bacterias enteropatogénicas, pero requiere condiciones y medios de cultivo específicos según el microorganismo investigado, y entrega resultados en 48 a 72 horas. La microscopía, por su parte, depende de la carga parasitaria de la muestra, de la experiencia del observador y, en varios casos clave, simplemente no permite distinguir entre una especie patógena y una inocua. A esto se suma una limitación importante: ni el coprocultivo ni la microscopía convencional permiten detectar virus entéricos, que se encuentran entre las principales causas de gastroenteritis aguda adquirida en la comunidad.

Dicho de otro modo: un resultado negativo por métodos convencionales no necesariamente significa ausencia de un patógeno. Puede significar que el agente causal estaba fuera del alcance de las pruebas realizadas.

Amebiasis: lo que el microscopio no alcanza a ver

Es probablemente el ejemplo más ilustrativo y una situación bien conocida por los laboratorios en México. Entamoeba histolytica es la única especie del complejo que causa enfermedad invasora, pero al microscopio es indistinguible de E. dispar y E. moshkovskii, especies no consideradas invasoras^2,3,4. El coproparasitoscópico no permite identificar una especie específica: reporta un complejo morfológico que, por convención, con frecuencia se reporta como «E. histolytica».

Los estudios que han contrastado microscopía contra PCR en población latinoamericana muestran de forma consistente que la mayor parte de esos hallazgos atribuidos a E. histolytica corresponde en realidad a especies no patógenas. En Nicaragua, el análisis por PCR de muestras previamente reportadas como positivas por microscopía mostró que E. histolytica era poco frecuente y se identificaba principalmente en pacientes con diarrea. Esto evidencia una consecuencia relevante de la falta de diferenciación: pacientes sin la especie patógena pueden estar recibiendo tratamiento innecesario². Este es un fenómeno que no es ajeno a nuestro país. En población escolar mexicana, la genotipificación de aislados mostró predominio de E. dispar, la especie inocua⁴.

El costo de esa ambigüedad es doble. Pacientes sanos reciben tratamiento que no necesitan, con el gasto y los efectos adversos asociados. Y el paciente que sí tiene una infección por E. histolytica, que corre el riesgo de evolucionar a colitis amebiana o absceso hepático, no se distingue del resto⁵. La detección molecular específica resuelve las dos cosas en una sola determinación, lo que permite orientar con mayor precisión la decisión clínica.

Los virus que casi nadie busca

En la notificación semanal mexicana, el único virus gastrointestinal con rubro propio es rotavirus: 409 casos reportados hasta la semana epidemiológica 31 de 2026¹. Norovirus, sapovirus, astrovirus y adenovirus entérico no aparecen de manera individual en el reporte, a pesar de ser agentes conocidos de gastroenterítis y estar asociados con brotes en guarderías, asilos, comedores institucionales y unidades hospitalarias.

Su ausencia en las estadísticas refleja una falta de búsqueda sistemática más que una ausencia de circulación, y esa búsqueda depende directamente de las herramientas disponibles en el laboratorio. Cuando un hospital enfrenta un brote de gastroenteritis en un servicio y carece de detección molecular para identificar virus entéricos, el equipo de epidemiología queda sin el dato esencial: sin agente confirmado resulta imposible documentar la cadena de transmisión, y las medidas de control se sostienen únicamente en la sospecha clínica. La PCR múltiplex permite confirmar el agente dentro de la misma jornada, con el brote todavía activo.

Qué cambia en la operación del laboratorio

Incorporar diagnóstico molecular no es únicamente una decisión clínica: modifica la operación diaria del laboratorio, y conviene anticipar en qué se traduce, porque suele ser la parte que define la viabilidad del cambio. El esquema convencional reparte una misma solicitud entre coprocultivo, coproparasitoscópico seriado y, en su caso, pruebas complementarias, cada uno con su propio preanalítico, sus tiempos de incubación y su lectura. El flujo molecular concentra ese estudio en un solo proceso. Estas son las diferencias que se perciben primero en la práctica cotidiana:

• Una sola muestra, una sola solicitud. Heces en un único recipiente, sin necesidad de alicuotar para distintas técnicas ni de repetir la toma en tres días consecutivos.
• Resultado en la misma jornada. El flujo de extracción, amplificación y análisis se completa en horas, no en días, lo que permite ajustar la conducta terapéutica mientras el paciente sigue sintomático.
• Menos dependencia del operador. La lectura es un dato objetivo de amplificación, no una interpretación morfológica que varíe según quién esté al microscopio ese día.
• Un informe que el clínico puede usar. En lugar de «no se observaron parásitos», el médico recibe el nombre del agente o la confirmación de que los patógenos buscados están ausentes.

Lo que respaldan las guías

La Infectious Diseases Society of America reconoce en sus guías de diarrea infecciosa el valor de las pruebas moleculares múltiplex para la detección rápida y simultánea de diversos enteropatógenos (bacterias, virus y parásitos) y recomienda su uso, junto con las pruebas microbiológicas indicadas, ante la sospecha de fiebre entérica o diarrea con bacteriemia⁶.

Las mismas guías precisan que el resultado de estos paneles moleculares debe interpretarse siempre en contexto clínico y epidemiológico. Por lo tanto, es fundamental comprender que el diagnóstico molecular y el cultivo cumplen funciones complementarias. Los paneles múltiplex permiten identificar rápidamente los patógenos presentes en la muestra, mientras que el cultivo continúa siendo necesario en casos seleccionados, particularmente cuando se requiere obtener un aislamiento para vigilancia epidemiológica, investigación de brotes o pruebas de susceptibilidad antimicrobiana.

En resumen

• La proporción de casos gastrointestinales con etiología conocida cayó de 8.9 % en 2020 a 6.1 % en 2026: hoy, casi todos los cuadros notificados en México se tratan sin identificar el agente causal.
• El coprocultivo no detecta virus, la microscopía no distingue histolytica de las especies inocuas, y ambos entregan resultados cuando la decisión terapéutica ya se tomó.
• La PCR múltiplex en tiempo real permite identificar virus, bacterias, protozoos y helmintos en una sola muestra y en la misma jornada de trabajo.
• Las guías internacionales respaldan el uso de paneles moleculares como prueba de primera línea en escenarios definidos, con cultivo reflejo cuando se requiere aislamiento para vigilancia epidemiológica o susceptibilidad antimicrobiana.

 

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Referencias

1. Dirección General de Epidemiología. (2026). Boletín Epidemiológico. Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica, Sistema Único de Información (Semana epidemiológica 31, 2026). Secretaría de Salud. https://www.gob.mx/salud/documentos/boletinepidemiologico-sistema-nacional-de-vigilancia-epidemiologica-sistema-unico-de-informacion-417103
2. Leiva, B., Lebbad, M., Winiecka-Krusnell, J., Altamirano, I., Tellez, A., & Linder, E. (2006). Overdiagnosis of Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar in Nicaragua: A microscopic, triage parasite panel and PCR study. Archives of Medical Research, 37(4), 529–534. https://doi.org/10.1016/j.arcmed.2005.10.009
3. López-López, P., Martínez-López, M. C., Boldo-León, X. M., Hernández-Díaz, Y., González-Castro, T. B., Tovilla-Zárate, C. A., & Luna-Arias, J. P. (2017). Detection and differentiation of Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar in clinical samples through PCR-denaturing gradient gel electrophoresis. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, 50(4), e5997. https://doi.org/10.1590/1414-431X20175997
4. Rojas, L., Morán, P., Valadez, A., Gómez, A., González, E., Hernández, E., Partida, O., Nieves, M., Gudiño, M., Magaña, U., Torres, J., & Ximénez, C. (2016). Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar infection in Mexican school children: Genotyping and phylogenetic relationship. BMC Infectious Diseases, 16, 485. https://doi.org/10.1186/s12879-016-1812-8
5. Van Den Broucke, S., Verschueren, J., Van Esbroeck, M., Bottieau, E., & Van den Ende, J. (2018). Clinical and microscopic predictors of Entamoeba histolytica intestinal infection in travelers and migrants diagnosed with Entamoeba histolytica/dispar infection. PLOS Neglected Tropical Diseases, 12(10), e0006892. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0006892.
6. Shane, A. L., Mody, R. K., Crump, J. A., Tarr, P. I., Steiner, T. S., Kotloff, K., Langley, J. M., Wanke, C., Warren, C. A., Cheng, A. C., Cantey, J., & Pickering, L. K. (2017). 2017 Infectious Diseases Society of America clinical practice guidelines for the diagnosis and management of infectious diarrhea. Clinical Infectious Diseases, 65(12), e45–e80. https://doi.org/10.1093/cid/cix669

 

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